[Harden]

В 1941 году, после начала Великой Отечественной войны (с июля по октябрь), адмирал Исакова как Заместитель Главнокомандующего и член Военного Совета Северо-Западного направления координирует действия армии и флота при обороне Прибалтики, а затем Ленинграда. Он занимался созданием базы в Осиновце, готовил десанты на Ладожском озере, сыграл активную роль в создании Ладожской, Онежской, Чудской и Ильменской военных флотилий, «Дороги жизни», в обороне Шлиссельбурга. Маршал Советского Союза Г. К. Жуков писал позднее: «Моим заместителем по Военно-морским силам был адмирал Иван Степанович Исаков. Я глубоко убежден, что он был одним из выдающихся и талантливых военачальников Военно-Морского Флота Советского Союза. Вместе с командующим Балтийским флотом он формировал бригады морской пехоты для усиления Ленинградского фронта.