[Harden]

В январе 1937 года Исакова вновь назначили начальником штаба Балтийского флота и произвели в флагманы 2-го ранга. С августа 1937 по февраль 1938 года он был командующим и членом Военного совета КБФ.
В 1938 году Исакова наградили орденом Ленина в связи с 20-летием РККА и ВМФ за проявленные доблесть и самоотверженность в боях с врагами Советской власти и за выдающиеся успехи и достижения в боевой, политической и технической подготовке кораблей, частей и подразделений ВМФ. В том же году Исакову присвоили звание флагмана 1-го ранга, наградили медалью «XX лет РККА». Высшая аттестационная комиссия Всесоюзного комитета по делам высшей школы при СНК присвоила ему ученое звание «доцент». В 1938 году Исаков состоял членом Главного военного совета Военно-Морского Флота. В апреле 1939 года Исакова назначили 1-м заместителем наркома ВМФ. Одновременно с июня 1938 года по август в 1939 года он по совместительству начальник ВМА.